สุณิสา เริ่มรับราชการเป็นนายทหารแปลข่าวต่างประเทศ ในปี พ.ศ. 2543 สังกัดกรมสรรพาวุธ ต่อมาปี พ.ศ. 2545 ย้ายมาสังกัดศูนย์วิทยุกองทัพบก จัดรายการวิทยุโดยใช้ชื่อว่า "หมวดเจี๊ยบ" กระทั่งย้ายมาเป็นผู้สื่อข่าวสายทหาร ททบ.5 และผู้ประกาศข่าวพยากรณ์อากาศ

สุณิสา เป็นที่รู้จักมากขึ้นจากการเขียนหนังสือ "ทักษิณ Where are you?" และ "ทักษิณ Are you OK?" กระทั่งในปี พ.ศ. 2550 เธอได้ลาออกจากราชการ และเข้าร่วมงานกับพรรคเพื่อไทย โดยการลงสมัครรับเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรกรุงเทพมหานคร เขต 30 ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2554 แต่ไม่ได้รับเลือกตั้ง โดยแพ้ให้กับอรอนงค์ คล้ายนก จากพรรคประชาธิปัตย์

สุณิสา เลิศภควัต ได้รับแต่งตั้งเป็นรองโฆษกประจำสำนักนายกรัฐมนตรี ในรัฐบาลนางสาวยิ่งลักษณ์ ชินวัตร แทนนายอนุสรณ์ เอี่ยมสะอาด เมื่อ วันที่ 12 มี.ค. ปี พ.ศ. 2556[3]

ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2557 เธอได้สมัครรับเลือกตั้งในระบบบัญชีรายชื่อ สังกัดพรรคเพื่อไทย ลำดับที่ 113[4]

ภายหลังการรัฐประหารในประเทศไทย พ.ศ. 2557 เขาถูกฟ้องร้องในวันที่ 8 ธันวาคม พ.ศ. 2560 ข้อหา ผิด พ.ร.บ.คอมพิวเตอร์ และ ป.อาญา ม.116 ข้อหา ยุยงปลุกปั่นฯ[5] พ.ศ. 2562 ได้เลื่อนยศจากร้อยโทเป็นร้อยเอกหญิง " ผู้กองเจี๊ยบ "